A punto de terminar el siglo XIX, la minería era vista en el Perú como una actividad fundamental para recuperar la estructura productiva y la economía tras la Guerra del Pacífico. Se vivían tiempos menos agitados y la clase política había concluido que el futuro del país dependía del desarrollo de los recursos naturales para la exportación. Esta etapa, que los libros de historia llaman Reconstrucción Nacional, se consolidó en el segundo gobierno de Nicolás de Piérola (1895-1899). Fue Piérola quien, el 22 de mayo de 1896, dio el Decreto Supremo que dividió a la Sociedad Nacional de Agricultura y Minería, y dio pie a una institución para fortalecer al sector minero: hace 125 años se fundó la Sociedad Nacional de Minería.
Para convocar a elecciones de la primera junta directiva de la Sociedad Nacional de Minería y además redactar su reglamento, se formó una comisión integrada por una veintena de mineros y personalidades relacionadas con esta actividad. Elías Malpartida, quien representaba a los mineros de Cerro de Pasco, fue designado como primer presidente de la Sociedad. Malpartida fue un empresario y político de larga experiencia. Natural de Pasco y graduado en Europa, llegó a ser diputado, senador, ministro en dos ocasiones y un combativo orador. Es por eso que en la época se le conoció como “El Pico de Oro”. Ejerció el cargo de presidente de la Sociedad por dos años y también fue alcalde de Lima en 1914.
Otro integrante de aquella comisión que puso las bases del gremio minero, fue Eduardo de Habich, un ingeniero y matemático polaco que había llegado al país para estar al servicio del Estado. Participó de proyectos como la construcción del Ferrocarril de la Oroya y en la elaboración del Reglamento General de Instrucción Pública, que hizo posible la fundación en 1876 de la Escuela de Ingenieros Civiles y de Minas (hoy la Universidad Nacional de Ingeniería-UNI). De Habich fue el primer director de este centro de formación para ingenieros, necesario para impulsar el desarrollo del país en el nuevo siglo.
La primera junta directiva de la Sociedad Nacional de Minería recibió el encargo del Ministerio de Fomento de elaborar el primer proyecto de Código de Minería, que fue presentado en 1897, pero luego de diversas revisiones recién fue aprobado en 1900. Este código ordenaba la legislación de la época, protegía el derecho a la propiedad y estimulaba la inversión. Es bajo esta regulación que en 1901 se estableció la primera compañía de capital estadounidense en el sector: La Cerro de Pasco Mining Corporation, una empresa que por más de 70 años fue protagonista en la historia de la minería peruana.
El gremio reunió solo a empresas del sector minero hasta 1952, año en que se incorporó la industria de hidrocarburos. En 1998 se sumó el sector eléctrico. Desde entonces lleva el nombre de Sociedad Nacional de Minería, Petróleo y Energía.